Atividades que estimulam o protagonismo juvenil e a construção da autonomia fazem parte do cotidiano escolar. Abrangendo todos os níveis, e contando com o envolvimento de todo Colégio, espaços como o Grêmio Estudantil, a Pastoral Juvenil Marista (PJM) e o Conselho de Líderes Maristas (Clima) possibilitam aos estudantes a convivência, a cidadania e a formação de lideranças em diferentes perspectivas. O Grupo de Voluntariado Marista, também representa a prática da solidariedade, além da construção da autonomia, tornando nossos os jovens agentes de transformação social.
Grêmio Estudantil do Colégio Marista São Francisco: O Grêmio Estudantil é uma agremiação que congrega todos os estudantes do Colégio, sendo um espaço constituído de participação e protagonismo juvenil. É um ambiente de acolhida, escuta e partilha de temas da juventude e ações de transformação social. Composto por uma diretoria eleita pelos estudantes, o Gesf representa os estudantes perante as demais entidades e setores da escola.
Conselho de Líderes Maristas (Clima): O Conselho de Líderes Maristas reúne estudantes líderes e vice-líderes do 3º ano do Ensino Fundamental ao 3º ano do Ensino Médio, na representação de suas turmas. Através do Conselho, o estudante passa a ser voz ativa no seu grupo, o qual irá colaborar com seus representantes através do diálogo conjunto. O objetivo é propiciar, através dos encontros com a Direção e a Orientação Educacional, o estreitamento no relacionamento junto às vozes dos estudantes, abordando temas e assuntos que os atingem diretamente. Os líderes atuam em consonância com os professores conselheiros das turmas e em diálogo com o SOE.
Pastoral Juvenil Marista (PJM): A Pastoral Juvenil Marista oportuniza aos adolescentes a vivência da espiritualidade com ações voltadas ao diálogo e à reflexão de temas referentes à realidade juvenil. Participam estudantes do 7º ano do Ensino Fundamental ao 3º ano do Ensino Médio e ex-alunos. A PJM possui ainda outras atividades (grupo de música, acólitos e time de futebol) que são abertas à participação dos integrantes dos grupos.
Voluntariado Marista: O objetivo deste projeto é oportunizar aos estudantes do Ensino Médio o desenvolvimento de trabalho voluntário e solidário, organizado e responsável, tendo como pressupostos os ideais maristas de solidariedade, sensibilidade, concepção humana e social e transformação da realidade.